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全基因组重测序

更新时候:2015-06-27 10:44:29点击次数:11993次字号:T|T
全基因组重测序是对已有参考序列(Reference Sequence)的物种的差别个别停止基因组测序,并以此为根本停止个别或群体程度的差同性阐发。经由进程全基因组重测序,研讨者可以或许找到大批的单核苷酸多态性位点(SNP)、拷贝数变异(Copy Number Variation,CNV)、拔出缺失(InDel,Insertion/Deletion)、布局变异(Structure Variation,SV)等变异位点。这在人类疾病及动动物育种研讨等方面具备严重的指点意思。

南边基因可以或许赞助您操纵Illumina HiSeq2500体系停止全基因组重测序,并经由进程生物信息学的手腕,阐发差别个别基因组间的差别, 同时实现正文,从而赞助您在全基因组程度上扫描并检测特定人群的首要遗传性状相干位点。

测序深度(Sequencing Depth):测序获得的碱基总量(bp)与基因组巨细(Genome)的比值,它是评估测序量的目标之一。测序深度与基因组笼盖度之间是一个正相干的干系,测序带来的毛病率或假阳性成果会跟着测序深度的晋升而降落。重测序的个别,若是接纳的是Paired-End或Mate-Pair计划,当测序深度在10~15X以上时,基因组笼盖度和测序毛病率节制均得以保障。


测序深度对基因组笼盖度和测序毛病率的影响(HOM:纯合体 HET:杂合体)


办事相干—样品请求

1) 样品纯度:OD 260/280值应在1.8~2.0 之间;RNA 应当去除清洁。
2) 样品浓度:最低浓度不低于50ng/?l。
3) 样品总量:每一个样品总量不少于15?g。
4) 样品溶剂:要消融在H20或TE (pH 8.0)中。
5) 样品运输: DNA高温运输(-20℃);且在运输进程中请用parafilm将管口密封好,以防呈现净化。


办事相干—生物信息阐发内容
1.数据量产出
总碱基数目、Totally mapped reads、Uniquely mapped reads统计,测序深度阐发。

2.分歧性序列组装
与参考基因组序列(Reference genome sequence)的比对阐发,操纵贝叶斯统计模子检测出每一个碱基位点的最大可以或许性基因型,并组装出该个别基因组的分歧序列。

3.SNP检测及在基因组中的散布
提取全基因组中一切多态性位点,连系品质值、测序深度、反复性等身分作进一步的过滤挑选,终究获得可托度高的SNP数据集。并按照参考基因组序列对检测到的变异停止正文。

4.InDel检测及在基因组的散布
在停止mapping的进程中,停止容Gap的比对并检测可托的Short InDel。在检测进程中,Gap的长度为1~5个碱基。

5.Structure Variation检测及在基因组中的散布
今朝SBC可以或许检测到的布局变异范例首要有:拔出、缺失、复制、倒位、易位等。按照测序个别序列与参考基因组序列比对阐发成果,检测全基因组程度的布局变异并对检测到的变异进停止正文。


全基因组重测序生物信息学阐发流程



案例研讨
快乐飞艇计划七机灵系统:全基因组重测序案例研讨


参考文献
1. Erin D. Pleasance, Philip J. Stephens, Sarah O’Meara et al.. A small-cell lung cancer genome with complex signatures of tobacco exposure. Nature, 2010, 463:184-190.

2. Michael James Clark, Nils Homer, Brian D. O’Connor et al.. U87MG Decoded: The Genomic Sequence of a Cytogenetically Aberrant Human Cancer Cell Line. PLoS Genetics, 2010, 6(1): e1000832.

3. Rossa W.K. Chiu, Hao Sun, Ranjit Akolekar et al.. Maternal Plasma DNA Analysis with Massively Parallel Sequencing by Ligation for Noninvasive Prenatal Diagnosis of Trisomy 21. Clinical Chemistry, 2010, 56(3): 459–463.

4. Stephan C. Schuster, Webb Miller, Aakrosh Ratan et al.. Complete Khoisan and Bantu genomes from southern Africa. Nature, 2010, 463: 943-947.

5. Wei Chen, Reinhard Ullmann, Claudia Langnick et al.. Breakpoint analysis of balanced chromosome rearrangements by next-generation paired-end sequencing. European Journal of Human Genetics, 2010, 18: 539-543.

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