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Illumina Omni家属芯片办事

更新时候:2015-07-03 11:16:57点击次数:13811次字号:T|T
Omni芯片家属自2009年上市以来,已供给了一系列矫捷的芯片,它们带来了精选自国际HapMap打算和千人基因组打算的罕见和罕见变异。有了Omni芯片家属,研讨职员能够或许当即起头新一代GWAS。

一、Omni家属芯片产物信息

注:自界说位点是在芯片SNP位点根本上,可自界说增添最大位点数,N/A表现不能增添。


二、芯片特色

1. Human Omni ZhongHua-8 BeadChip芯片办事 保举)___出格笼盖中国独有的罕见和罕见变异

1)第一款人类种群特异的全基因组芯片,颠末优化的标签SNP内容来自HapMap一切三个阶段和千人基因组打算(1kGP),可用于在中国人种群中摸索全新的疾病和性状接洽关系。
2)出格笼盖中国人81%的罕见变异(MAF> 5%)和60%的罕见变异(MAF > 2.5%),合适全基因组接洽关系研讨(GWAS)。
3)接纳Illumina专利的BeadArrayTM手艺,可供给很是高的数据品德,均匀检 出率> 99%,反复率> 99.9%。


2. HumanOmni5-Quad芯片办事

1)4个样品的Omni5芯片特有跨越430万个标记物/样品。
2)特有来自千人基因组打算的新奇、罕见和罕见变异。除供给人类变异(MAF低至1%)的麋集笼盖,笼盖了基因组中与疾病接洽关系的高代价地域,包罗基因地域、MHC地域和非同义SNP。
3)特有来自千人基因组打算的近5000个拔出缺失和多碱基替代标记物,能赞助研讨职员说明布局变异若何影响性状和疾病。
4)可自界说的 500K位点让研讨变得更具矫捷性,能够便利更高密度靶定基因组的特定地域。


三、尝试道理与流程


四、办事内容及操纵

1. 根基流程


2. 办事内容

1. DNA抽提;

2. 样品德检:用琼脂糖凝胶电泳Thermo NanoDrop2000分光光度计对样品DNA停止品德检测和定量;

3. 尝试进程: a)扩增、片断化、杂交; b)洗脱、标记、染色;

4. 图象扫描:用Illumina iScan激光共聚焦扫描仪对杂交反映后的芯片停止扫描;

5. 数据处置:肯定检出的SNP位点响应的核苷酸。


3. 发明CNV


五、数据阐发

1. SNP位点过滤:

1) No call rate>=10%
2)最小等位基因频次,Minor allele frequency>0.01 or 0.05
3)不合适哈维均衡的位点,HWE P value<0.001 的位点

2. 频数统计:

计较case/control 组中各等位基因和基因型的频次

3. 接洽关系阐发:

1)样品群的分层阐发
2)卡方查验、Fisher切确查验,比拟各allele的频次散布在case和control两组中是不是具备统计学差别
3)卡方查验、Fisher切确查验和Cochran-Armitage趋向查验,比拟各基因型频次散布在两组中是不是具备统计学差别

4. 单倍型阐发:

1)拔取包罗明显的SNP的区段停止单倍型阐发,以进一步定位候选区段
2)频次较高的几种单倍型各自的频次,在case/control两组中的散布状态,卡方统计量及p值,判定单倍型与疾病相干性


六、功效报告

1. 尝试数据:原始数据(idat文件),基因芯片数据总表,SNP位点信息。

2. 尝试文件:SNP芯片尝试操纵体例。

3. 尝试图象:SNP芯片扫描图(jpg或tiff格局),一切样品的质检电泳图。

4. 质检文件:DNA质检报告,SNP Call rate。


操纵案例一:GWAS研讨发明东亚人群高血压易感基因

Meta-analysis of genome-wide association studies identifies common variants associated with blood pressure variation in east Asians. Nat Genet. 2011 Jun;43(6):531-8. Epub 2011 May 15.


来自日本环球安康与医学研讨中间,国度人类基因组南边研讨中间,上海交通大学,清华大学,美国杜兰大学等6个国度研讨职员构成的研讨小组经由过程基因组阐发,发明了多个东亚地域人群高血压易感基因,研讨证实东亚地域人群基因组存在特同性,这对防治防备高血压等相干的疾病具备主要意思。这一研讨功效发布在2011年6月的Nature Genetics杂志上。
详见:


操纵案例二:Illunima SNP芯片发明汉族人群红斑狼疮易感基因

Genome-wide association study in a Chinese Han population identifies nine new susceptibility loci for systemic lupus erythematosus. Nature Genetics. 2009, 41(11):1234-7.


安徽医科大学第一从属病院张学军传授领衔的研讨团队经由过程对12000多例中国汉族红斑狼疮患者和安康对比样本停止研讨,发明了5个与汉族人群病发紧密亲密相干的易感基因ETS1、 IKZF1、 RASGRP3、 SLC15A4和TNIP1,并肯定了4个新的易感位点;研讨同时考证了在欧洲人中发明的7个易感基因在汉族人中一样存在。
详见:


操纵案例三:Illunima SNP芯片发明银屑病病发相干基因LCE

Psoriasis genome-wide association study identifies susceptibility variants within LCE gene cluster at 1q21. Nat Genet. 2009. 41(2):205-10.


安徽医科大学,国度人类基因组南边研讨中间,生物芯片上海国度工程中间等处的研讨职员操纵Illumina BeadArray全基因组接洽关系阐发手艺平台接纳了人类全基因组接洽关系阐发研讨(GWAS)体例,经由过程15000例中国汉族和维吾尔族银屑病和安康对比人群大样本量研讨,发明了与银屑病病发机制紧密亲密相干的LCE基因变异。LCE基因编码表皮终末分解角质外膜卵白,其基因变异能够增添得病危险。
详见:


操纵案例四: GWAS发明格雷夫斯氏病两个新易感基因位点

A genome-wide association study identifies two new risk loci for Graves' disease . Nature Genetics. 2011, 43(9):897-901.


上海交通大学医学院从属瑞金病院,国度人类基因组南边研讨中间,徐州医学院从属病院等十几家医疗机构的研讨职员对3052名受试者停止了全基因组接洽关系阐发,发明了两个新的基因位点,一个是位于染色体上的6q27地域内的RNASET2,另外一个是4p14地域内的GDCG4p14基因。这项新研讨不只找到了与甲亢病发相干的两处新的染色体变异地域,初次揭露了致病基因差别是致使甲亢药物医治结果一视同仁的缘由,开端解开了甲亢 病发机制的谜团。并为甲亢医治体例的窜则和预后的评价供给了主要的生物标记。
详见:



(编辑:sgfmt)

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